液質使用的經驗和禁忌包括以下幾點：

1. 酸性物質適合做負離子檢測，所以流動相偏堿性較合適，促使其解離。

2. 堿性物質適合做正離子檢測，流動相中適當的加入酸，促使其形成正離子。

3. 流動相中適當加一些醋酸鈉（或者醋酸銨），可形成加鈉的正離子或者加銨的正離子。

4. 質譜用水一般用娃哈哈純凈水之類的就很好；質譜用甲醇和乙腈，換用了很多品牌，發現Merck的還是稍微好一些；Finnigan用的氮氣不一定要用到液氮瓶，用普通的鋼瓶氣就可以了，可能還省錢些。

5. 做FAB和ESI+時，糖苷類的物質[M+Na]峰往往比[M+H]峰要強。

6. 胺類物質做ESI質譜時要注意進樣量要少，因為很容易離子化，不易沖洗干凈，會影響后面樣品的測定。像三乙胺在液質聯用時不能用于調節流動相pH值。若不慎引入三乙胺，在正離子檢測時總會出現很強的102峰（三乙胺的[M+H]）。

7. 鹽類化合物如鹽酸鹽、硫酸鹽在質譜中酸的部分一般不會出現。二羧酸鹽（esi負離子模式）除了分子離子峰外，會出現連續掉44的兩個峰，為失去羧酸根的離子，這三個峰非常特征，但是會受錐孔電壓的影響，調低電壓譜圖會更漂亮。